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南沙群岛综合科学考察调查海区为南沙群岛及其邻近海区，位于北纬3°40′N-12°00′N，东经 108°00′E-118°00′E。收录了从1984年至2007年航次取得的大量的海底地形、地貌、沉积及海洋水文气象、海水光学特性、海洋化学、海洋生物等方面的第一手资料。
2004—2013年，南海北部海洋观测开放航次由中科院南海海洋研究所负责实施，调查船为“实验3”号科考船，调查海区为南海北部海区及西部局部海区，位于北纬18° 00′N-23° 00′ N，东经 110° 00′E-120° 00′E 及北纬12° 15′N-18° 00′ N，东经110° 30′E-112° 25′E 范围内。收录了物理海洋学 海洋生物学 海洋地质学 海洋化学数据。
南海海洋断面科学考察项目2009年春季航次，2010年秋季航次，2011年冬季航次，2012年夏季航次在18°N、10°N、6°N断面和子午向断面，共约75个站位的物理海洋、海洋生物，海洋地质、海洋化学数据。
自2010年，印度洋综合科学考察航次由中科院南海海洋研究所负责实施，调查船为“实验1”号科考船。调查区域范围包括80E-111E，6S-10N。
该系统已累计部署了超过30个监测节点，目前在线的系统覆盖了三亚外海、阳江广海湾、汕头南澳岛，以及南海多个重点岛礁等海域，观测内容包括海浪（包括波参数和海浪谱）、海流、水位、水质（溶解氧、PH值、浊度、盐度、叶绿素等）和气象（包括风场和温、湿、压）等30多个参数。多个站位的连续运行时段已超过2年，为有关用户在海区管理、工程设计与维护、生态环境的可持续发展等方面提供了大量基础信息支撑。
